Ելնելով բժշկական կրթական ընթացքի առանձնահատկությունից՝ ՀԲԻ-ն ունի համագործակցելու համաձայնություններ Երեւանի առաջատար բժշկական կենտրոնների հետ, որոնք ինստիտուտի ուսումնական բազաներ են հանդիսանում:
- «Էրեբունի» բժշկական կենտրոն- ինստիտուտի գլխավոր կլինիկական բազա
- ՀՀ ԱՆ ՙՙՀիվանդությունների վերահսկման և կանխարգելման ազգային կենտրոն՚՚ ՊՈԱԿ
- Երևանի ՙՙՆորք ինֆեկցիոն կլինիկական հանրապետական հիվանդանոց՚՚ ՓԲԸ
- ՙՙՔաղաքային պաթոլոգիայի գիտագործնական կենտրոն՚՚ ՍՊԸ
- ՙՙՓորձաքննությունների ազգային բյուրո՚՚ ՊՈԱԿ
- Երևանի «Գրիգոր Նարեկացի» բժշկական կենտրոն ՓԲԸ
- ՀՀ ԱՆ Ռ.Օ.Յոլյանի անվան Հանրապետական Արյունաբանական կենտրոն
- «Սթրես» հոգեկան առողջության և վերականգման ինստիտուտ
- <<Նաիրի>> ԲԿ
- Քաղաքային հակատուբերկուլյոզային դիսպանսեր ՓԲԸ
- Շտապ բժշկական օգնություն ՓԲԸ
- ՙՙԱրթմեդ՚՚ բժշկական կենտրոն
- ՙՙՀովիկ Մանասյան՚՚ ԱՁ ստոմատոլոգիական կլինիկա
- Է. Մնացականյանի անվան մանկական ստոմ. Պոլիկլինիկա
- «Դկա դենտ» ՍՊԸ
- «Ամի դենտ» ստոմատոլոգիական կենտրոն
- Երևանի թիվ 3 մանկական ստոմատոլոգիական պոլիկլինիկա
- «Բելադենտ» ստոմատոլոգիական կլինիկա
- «Նորադենտ» ստոմատոլոգիական կլինիկա
- «Արզստոմ» ստոմատոլոգիական կենտրոն
- «Դենտա-Էլիտա» ստոմատոլոգիական կենտրոն
- «Դիադենտ» ստոմատոլոգիական կլինիկա
- «Եվրոդենտ» ստոմատոլոգիական կլինիկա